Masson（蓝、绿）
用两种或三种阴离子染料混合，原纤维呈蓝色，肌纤维呈红色。用来显示组织中纤维以及炎性因子的染色方法之一。
尼氏小体
Nissl染色染色后呈蓝紫色，常用于显示脑或脊髓的基本神经结构。Nissl小体大而数量多，说明神经细胞合成蛋白质的功能较强;相反在神经细胞受到损伤时，Nissl小体的数量会减少甚至消失。
阿尔新蓝
阿尔新蓝属于阳离子染料，是显示酸性黏液物质最特异的染料，染料与酸性基团形成盐键。利用染料的不同pH及不同电解质浓度，可区分酸性黏液物质的类别。具有金属光泽的墨绿色结晶。主要可用于粘蛋白染色，细菌染色，润滑液中作为胶凝剂。
VonKossa钙化染色
染色利用金属离子置换反应检测组织中钙盐沉积，由硝酸银溶液中的银离子置换组织中沉积的钙离子。
PAS
PAS染色法(Periodic Acid-Schiff stain)在组织学上，主要用来检测组织中的糖类。过碘酸把糖类相邻两个碳上的羟基氧化成醛基，再用Schiff试剂和醛基反应使呈现紫红色。
网织纤维染色（银染）
是指在疏松结缔组织 中含量较少，纤维较细，有分支，彼此交织成网状。 用浸银法可将纤维染成黑色，故又称嗜银纤维(argyrophilic fiber)。
EVG
全称VERHOEFF’S VAN GIESON染色，能显示黑色弹性纤维与红色胶原纤维,一些弹性组织萎缩的肺气肿病例,动脉粥样硬化的弹性纤维变薄和缺失,及其他血管疾病,或者是随着年 龄的增加皮肤的弹性纤维发生裂隙或破碎等改变,并使皮肤松弛和形成皱纹等等均可使用此方法进行鉴别。
甲苯胺蓝(肥大细胞)
甲苯胺蓝(Toluidine blue)中的阳离子有染色作用，组织细胞的酸性物质与其中的阳离子相结合而被染色。可染细胞核使之呈蓝色;肥大细胞胞质内含有肝素和组织胺等异色性物质遇到甲苯胺蓝可呈异染性紫红色，可用于尖锐湿疣的初筛及肥大检测。
革兰氏
革兰氏染色是用来鉴别细菌的一种方法，细菌细胞壁上的主要成份不同，利用这种染色法，可将细菌分成两大类，即革兰氏阳性菌与革兰氏阴性菌。革兰氏染色的对象是细菌的细胞壁，染色后细菌与环境形成鲜明对比，可以清楚地观察到细菌的形态、排列及某些结构特征，而用以分类鉴定。
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